Софт
RUS http://www.jardic.ru/ — японско-русский словарь JARDIC
RUS http://www.susi.ru/yarxi/ — словарь иероглифов Yarxi на Виртуальных сусях
ENG http://www.epochrypha.com/japanese/ - бесплатная программа для запоминания иероглифов по карточкам.
ENG http://www.physics.ucla.edu/~grosenth/jwpce.html — проект JWPce Гленна Розенталя

Сайты для изучающих японский язык
RUS http://nihongo.aikidoka.ru/ — японский язык для начинающих на сайте клуба Айкидо
RUS http://www.susi.ru/uchebnik/ — учебник японского Прасола и Чан Су Бу, японский для продолжающих (примерно 2-1 кю)
RUS http://www.rinet.ru/~vit/index.htm — коллекция ссылок для изучающих японский язык с описаниями и краткими справками, инструкции по установке японской локали и словарей и т. д.
RUS http://www.ichiban.narod.ru/index.html - много ссылок на книги, словари, и прочие учебные пособия по Японскому, в том числе - Нечаева, Головнин, также Minna no Nihongo I с аудио материалом(некоторые ссылки на книги не работают()
ENG http://nihongoresources.com/ — ресурсы по японскому языку: уроки, грамматический справочник, словарь, информация о диалектах и прочее
ENG http://linear.mv.com/cgi-bin/j-e/dict - японско-английский и наоборот онлайн-словарь
ENG http://www.papillon-dictionary.org/Home.po - online словарь, большой выбор языков перевода.
JAP http://www.alc.co.jp/ — японско-английский онлайн-словарь фраз. Весьма объёмный, порой находятся вещи, которых нету в Кэнкюся или JWPce. Введите произвольный кусок слова на японском в форму и смотрите результаты.
JAP http://dictionary.goo.ne.jp/ — онлайн-словарь японско-английский, англо-японский и японский толковый словарь. В толковом можно почерпнуть некоторые интересные нюансы понятий, которые опять же не найдёшь в популярных японско-английских.
JAP http://kakijun.main.jp/main/kensaku.html — порядок черт и рукописное начертание иероглифов. Введите иероглиф, нажмите кнопку.

Журналы о Японии
RUS http://www.japantoday.ru/ — Сайт журнала "Япония сегодня". Там есть всё: новости, статьи, библиотека, энциклопедия и даже анимешные открытки.
Все серьезно и прилично. (описание Roger Wilco)
RUS http://japon.ru - "Интересный журнал о Японии" - слово "интересный" в названии означает, что в нем вы можете почитать про продажу б/у трусов, засилие покемонов, и другие волнующие тайны Японии.
Лейтмотивом публикций служит "Японцы все тупые и одинаковые, потому что у них по телевизору дебильные шоу". К плюсам можно отнести частые обновления. (описание Roger Wilco)
RUS/ENG/JAP http://web-japan.org/nipponia/index.html — Сайт журнала «Ниппония: открытие Японии». Журнал выходит на нескольких языках, авторы статей по большей части из Японии. Интересные рассказы о различных аспектах японской жизни, отдельная рубрика посвящена японской кухне.

Новости и статьи
RUS http://russia-japan.nm.ru/ — сайт общества Россия-Япония. Много интересных статей в разделе «Статьи о Японии», зачастую — переводы из западных СМИ.
RUS http://japan.aikiclub.ru/ — статьи о Японии: география, история, культура, кулинария, боевые искусства и прочее
RUS http://www.cultline.ru/ — ресурс о Японии, много статей на разные темы, большей частью об искусстве: кино, литература, аниме, бонсай, оригами и т. д.

Форумы
RUS http://www.polusharie.com/ — "Форумы Восточное Полушарие" - группа форумов, где общаются наши соотечественники из самых разных уголков азиатского мира. Очень интересен китайский раздел.
На форумах, посвященных Японии накопился мощный пласт информации.

Блоги
RUS http://www.livejournal.com/users/kitya/ — Китя Карлсон. Пишет про Японию, интересно и много, с фотографиями.

Официальные сайты
RUS http://embjapan.ru/ — Официальный сайт посольства Японии в России

RUS http://oriental.ru/ -боевые искусства, литература, живопись, фотогаллереи, компании, поисковые системы, философия,восточная медицина, форум

Пока все. Еще что найду - добавлю.
Предупреждаю - сообщения не по теме буду удалять сразу.